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上海交通大学医学院位于创新求索、文化荟萃、包容并蓄的黄浦腹地，红墙映日、梧桐环绕。其前身是由圣约翰大学医学院(1896-1952)、震旦大学医学院(1911-1952)、同德医学院（1918-1952)于1952年全国高等学校院系调整时合并而成的上海第二医学院，1985年更名为上海第二医科大学。1997年学校通过了“211工程”立项。2005年7月，上海交通大学与上海第二医科大学合并，成立了新的由教育部、上海市政府重点共建的上海交通大学医学院，进入“985”高校行列。2010年11月，学院成为卫生部与教育部合作共建的第一批十个重点高校中的一员。
历经百余年的春华秋实和六十载的风雨征程，医学院秉持“团结、勤奋、求实、进取”的院训及“博极医源、精勤不倦”的学院精神，始终以谋国家之强盛、求科学之真知、践医学之神圣为己任，与时代同呼吸、与社会共命运，在医疗卫生事业的壮美画卷中留下了诸多浓墨重彩的笔触，为社会输送了7万余名医学人才。学院现已发展成为一所享有较高国际声誉，师资力量雄厚，优势特色明显，学术成绩卓著，集医、教、研以及社会服务全面发展的研究型、创新型院校。
医学院坚决贯彻“人才强院”的主战略，切实加强高层次人才队伍建设，大师云集、人才荟萃。学院现有教职医务员工25298名，专任教师640名，在职高级职称2129人，博士生导师694人，硕士生导师1184人。其中包括中国科学院院士3人，中国工程院院士13人，欧洲科学院外籍院士2人，美国科学院外籍院士1人，法国科学院外籍院士2人，美国医学科学院外籍院士2人，英国皇家内科医师学院院士1人，法国国家医学科学院院士2人，发展中国家科学院院士2人，国际牙医学院院士1人，中央“千人计划”10人，中央“青年千人计划”20人，国家“973”项目首席科学家18人次，教育部“长江学者特聘教授/讲座教授/青年学者”28人，国家杰出青年基金获得者28人，教育部“海外名师”2人。
医学院持续推动教育教学改革，不断加强以基地建设与临床优势为依托，以转化医学理念为内涵的“卓越医学教育体系”建设。
医学院包含23个学院（系），13所附属医院。覆盖生物学、基础医学、临床医学、口腔医学等8个一级学科博士学位授权点、4个一级学科博士后流动站。有临床医学八年制（授予博士学位）、临床医学八年制（口腔医学方向，授予博士学位）和7个本科专业（临床医学、口腔医学、生物医学科学、预防医学、医学检验学、护理学、营养学）。其中，临床医学、口腔医学、医学检验学、护理学为国家特色专业；临床医学八年制（法文班）、临床医学八年制（4+4硕博班）、临床医学五年制（儿科学方向）、临床医学五年制（英语班）是学院的特色班级。目前学院有在校生7653名，其中本科及长学制学生2746名，研究生4639名，留学生268名。
2010年起，医学院率先探索和实践临床医学专业“5+3”及“5+3+X”改革，深度参与上海市住院医师规范化培训工作，积极推进住院医师规范化培训与临床医学硕士专业学位教育有效衔接，并试点开展与专科医师规范化培训相结合的临床医学博士专业学位研究生的培养工作。2016年，新招录住院医师960名，占全市招录总数的35%；新招录专科医师409名，占全市招录总数的近50%。
2014年作为第一批试点高校，医学院全面实施“市属高校本科教学教师激励计划”，并按照“团队牵引、首席负责、全程激励、制度保障”的工作原则，在院本部组建了34个教育教学团队，医学教育质量得到进一步提升。2016年两位青年教师荣获“全国高校青年教师教学竞赛”一等奖和二等奖。
作为国家级临床技能实验示范中心学科组长单位及国家级虚拟仿真实验教学中心，医学院具有临床模拟功能齐备、师资团队雄厚、医疗资源丰富、操作平台先进的基地优势，并通过器官系统整合式课程、临床技能操作、客观化临床考试等全面提升医学生临床技能和创新意识。2012年入选教育部第一批卓越医生教育培养计划项目试点高校，并担任上海市卓越医学教育计划专家组组长单位。现拥有国家级教学团队1个，国家级教学名师2人，上海市教学团队5个，上海市教学名师8人，上海市海外名师2人。国家级大学生校外实践基地/实验教学示范中心5个。图书总藏量达58.5万册，覆盖医学各学科，为国内重点收藏单位，也是全国法文医学特藏中心。
历年来，医学院共获得国家级教学成果奖9项，国家级精品课程25门，国家级双语课程3门。《常见慢性病的健康管理》成为国内首门护理专业的大型开放式网络课程（MOOC）。
在全力投身实践国家教育教学改革中，医学院严格执行教育部对“985”“211”部属重点大学成人学历教育与网络教育相关要求，已逐步形成良好的办学氛围，并持续提升教学质量。在上海市教委校外学习中心办学评估检查中，我院网络教育学院13个学习中心整体评估排位全市第一。其中7所学习中心荣获“中国远程优秀校外学习中心称号”。
医学院紧紧围绕国家“双一流”的战略决策，以整体提高学科建设和人才培养质量内涵为出发点，以培养卓越医学创新人才为着落点，推动世界一流医学院和一流医学学科建设。整体布局、重点突出，稳步推动国家转化医学重大科技基础设施项目的建设，积极发挥国家级创新功能性平台在人才培养、平台运行与保障机制、科技成果产出与共享等方面的示范效应。以2个高峰学科（即：临床医学、口腔医学）、6个高原学科（即：基础医学、药学、生物学、公共卫生与预防医学、医学技术、护理）的建设带动新一轮学科布局优化。现有国家教育部重点学科（三级学科）16个，上海市重点学科18个，上海高校一流学科9个。
在ESI全球医学学科排名中，医学院共有7个学科跻身全球研究机构前1%，4个学科跻身前1‰，其中临床医学学科跻身全球研究机构前0.2‰。根据教育部学位与研究生教育发展中心2013年公布的学科评估结果，我院临床医学全国排名第一、口腔医学排名第二、基础医学排名第三、护理学排名第五、公共卫生与预防医学排名第十，标志着我院学科综合实力稳居全国前列。
聚焦上海“四个中心”和建设具有全球影响力的科技创新中心总体要求，对接国家科技体制改革发展方向，不断增强科技创新能力和推动成果转化。医学院共获得国家级科技成果奖71项，其中国家最高科学技术奖1项，国家自然科学奖6项，国家技术发明奖10项，国家科技进步奖54项。2016年获得520项，连续七年稳居全国第一。2015年发表SCIE论文3011篇，医学学科论文数第六次位列全国第一，其中CNS论文数125篇。
科技工程及平台建设成绩显著。医学院顺利完成“985工程”三期创新能力建设任务，建设了4个转化医学研究基地及2个公共卫生平台，并依托医学院基础研究特色和临床优势，在附属医院建设了覆盖十大病种的生物样本库。上海高校知识服务平台——转化医学协同创新中心初步实现了产学研良性互动及转化平台的建设目标，2014年挂牌为上海市协同创新中心进行建设。2015年与中国科学院神经科学研究所共同建设“脑疾病临床研究中心”，探索性实践院所同城协同、联合攻关的科研组织新模式。近五年来，医学院共获授权专利数630项。
医学院积极参与国家医疗卫生体制改革，各附属医院不断提升诊疗水平和医疗卫生服务能力。我院现共有13所附属医院，其中8所综合性医院、5所专科性附属医院。拥有74个国家重点临床专科，数量占上海市国家级临床重点专科总数的54%。2016年，各附属医院门急诊人次达3378.56万，开放床位数18204张，出院人次90.20万，住院手术人次61.24万。目前有上海市临床医学中心16个、上海市级研究所28个，上海市“重中之重”临床医学中心8个。
医学院积极探索区域协同共建医疗卫生事业新战略，与长宁区政府合作共建上海市同仁医院，并于2014年成立虹桥国际医学研究院，努力实现多维推进区域医疗发展与学科内涵建设。2011年成立上海交通大学中国医院发展研究院，大力开展医院管理政策性研究，在国内医院管理领域产生了一定的影响力。
医学院持续深化国际合作，注重对外交流，医学教育国际化水平不断提高。已与19个国家和地区的63所大学及科研机构开了了广泛的合作。2013年10月学院与渥太华大学医学院签署《上海交通大学医学院渥太华大学医学院合作协议》，成立“上海交通大学-渥太华大学联合医学院”，2015年起正式开始招生。
医学院拥有深厚和优质的中法医学教育传统，通过推动临床医学法语班建设、探索中法合作医学科学硕士课程建设等工作持续增强中法医学教育的引领与示范作用。2013年“上海交通大学与法国斯特拉斯堡大学合作举办的医学教育专业博士研究生教育项目”获得教育部正式立项，成为国内首个中外联合培养医学博士项目。
医学院现有45个海外游学（短期）项目，2016年共有381名学生，赴13个国家和地区的33所合作院校进行海外游学。
抚今追昔、知史鉴往，继往开来、任重道远，全体上海交通大学医学院人将化梦想为行动，执着医学信念、探索科学真理，凝心聚力、抓住机遇，勇立潮头、敢为人先，为创建世界一流的医学院，为祖国医疗卫生事业的进步不懈努力。