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安徽中医药大学创建于1959年，其前身为1952年创立的安徽省中医进修班（学校）。1959年，安徽省政府正式批准成立安徽中医学院，郭沫若先生题写校名。1970年，安徽中医学院并入安徽医学院。1975年，国家教育部批准恢复安徽中医学院。2000年，安徽省医药学校并入安徽中医学院。2011年，省政府批准在安徽中医学院的基础上组建成立安徽省中医药科学院。2013年，教育部同意安徽中医学院更名为安徽中医药大学。
学校是国家中医临床研究基地、国家中药现代化科技产业（安徽）基地、国家中医药国际合作基地、国家药品临床研究基地、硕士研究生推荐免试单位。2005年以良好成绩通过国家教育部本科教学工作水平评估，2009年、2016年学校以优异成绩分别通过国家教育部中医学、中药学专业试点认证。
学校现占地总面积1171亩，有梅山路、史河路、少荃湖三个校区。东校区坐落于合肥市梅山路103号，西校区坐落于合肥市史河路45号，少荃湖校区坐落于前江路。教学科研仪器设备总值18907万元。图书馆藏书近200万册（其中纸质图书96.16万册），古籍部珍藏古籍线装书3.3万册，是“全国古籍重点保护单位”。中药标本中心储藏了11万份药用植物腊叶标本，是全国医药院校珍藏标本最丰富的标本馆。新安医学文化中心是安徽省中医药文化宣传教育基地。
学校现有全日制在校生14033人（其中博士生、硕士生1147人）。现有13个二级学院（部）、3所直属附属医院、5所非直属附属医院。现有教职工2500多人（含附院），其中副高以上职称人员500余人。国医大师2人，安徽省高校领军人才5人，博士生导师22人，硕士生导师501人；享受国务院特殊津贴23人、省政府特殊津贴8人；安徽省学术与技术带头人、后备人才25人；国家名老中医学术经验项目指导老师26人。有来自国内外的57名知名专家学者担任我校客座教授。
学校现有23个本科专业（其中国家教育部高等学校特色专业5个，19个专业列入一本招生），有2个一级学科博士学位授予点，4个一级学科硕士学位授予点、25个二级学科硕士学位授予点、4个硕士专业学位授权点。有安徽省学科建设重大项目2个、国家中医药管理局重点学科17个，省级B类重点学科11个。有7个卫生部国家临床重点专科，21个国家中医药管理局重点建设专科、23个安徽省中医药重点专科。
学校以人才培养为第一要务，牢固确立教学中心地位，把提高教育教学质量作为永恒主题，注重学生创新精神与能力素质的培养，坚持“弘扬新安医学，培育中医人才”的办学特色，人才培养质量不断提高。学校现有2个国家级教学团队、8个省级教学团队、1门国家级精品课程、1门国家级精品资源共享课程、35门省级精品课程、2个国家级实验教学示范中心、1个国家级专业综合改革试点项目、2个国家级卓越医生（中医）教育培养计划。近5年来，先后获国家级、省级质量工程项目200余项，国家级教学成果二等奖1项、省级教学成果特等奖3项、一等奖10项。
学校注重办学特色的彰显，深入推进教学改革，举办新安医学教改实验班，建立临床客观结构化考试中心。设立大学生课外科技创新与创业基金；开展“百人获奖、千人参与、万人受益”的大学生知识技能竞赛和“挑战杯”等各级各类竞赛活动；广泛开展各类社会实践活动。2010—2015年学校共有学生200余人次在学术科技与创新创业领域获省部级以上表彰和奖励80 余项。学校曾被授予全国大中学生志愿者“三下乡”社会实践活动先进集体。2010年以来，学校毕业生平均就业率在94%以上，连续获得安徽省普通高校就业工作“先进集体”或“标兵单位”称号。
学校大力推进科技强校战略，积极促进教学水平与人才培养质量的提高。近5年来，学校共承担各级各类项目1100余项，“十二五”国家科技支撑计划项目“新安医学传承与发展研究”顺利通过国家科技部验收，为提升我校科研软实力打下坚实基础，以国家社会科学基金项目为代表的人文社会研究项目取得新的突破，进一步提升了我校的科学研究水平。获得国家级科研项目200余项，科研经费2亿余元。取得研究成果300余项，获得省部级以上科技奖励37项（其中国家科技进步二等奖1项,中华中医药学会科技奖一等奖1项）。现有10个省级科技创新团队，28个省级以上重点实验室及工程（技术）研究中心。建立了安徽省中药材科技产业战略联盟。学校被国家科学技术部授予“全国科技特派员工作先进集体”称号，被国家中医药管理局授予“中医药科技管理工作先进集体”称号。学校获中华中医药学会“推动中医药学术发展特别贡献奖”。
学校不断加强产学研用合作，服务地方经济社会建设能力不断增强。学校与黄山、亳州、六安、桐城、庐江、绩溪、舒城等10余个市县人民政府签订全面合作协议，与河南宛西、江苏康缘、深圳三九、亿帆鑫富、海南海力药业等国内知名中医药企业签订战略合作协议，建有亳州济人药业等30余个产学研合作基地，服务地方经济社会发展的能力不断提升。积极为政府在出台有关中医药发展规划和相关政策提供决策咨询，学校在国家中药现代化科技产业（安徽）基地建设中做出了积极贡献。第一附属医院是全省最大的三级甲等综合性中医医院；第二附属医院是全国首家也是规模最大的三级甲等针灸专科医院；第三附属医院是国家第三批重点建设的中西医结合医院，神经病学研究所附属医院是一所国内外有影响的以“肝豆状核变性诊治”为优势的专科医院，国医堂是一所为广大患者以纯中医方式为主要医疗手段的医疗单位，其都成为开展社会服务的重要力量。
学校与美国、澳大利亚等19个国家和地区的50个医疗和教育机构建立了友好合作关系。1994年获准招收国外留学生，先后有20多个国家和地区的学员来校攻读硕士、学士学位以及临床研修。与美国、瑞典、新加坡、日本、韩国及港澳台地区的院校开展学者互访和学生交流活动。
在58年的办学历程中，学校逐渐形成了以“至精至诚、惟是惟新”为校训的优良传统。目前，学校已发展成一所以中医药学科为主，相关学科协调发展，办学层次齐全，中医药特色鲜明的高等中医药院校。
面向未来，学校将进一步坚定中医信念，弘扬中医精神，秉承“至精至诚、惟是惟新”的理念，实施“质量立校、人才兴校、科技强校、特色弘校、文化塑校、和谐融校”的办学方略，围绕特色，强化优势，提升质量，着力培育“精诚是新”中医药人才，构筑安徽中医药协同创新高地，弘扬“北华佗南新安”中医药文化，引领安徽中医药事业产业发展，建成富有特色、卓有贡献、高水平有影响的安徽中医药大学，为建设美好安徽、服务人民大众健康做出更大贡献。
(2017年6月更新)