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徐州生物工程职业技术学院前身是创建于1956年的江苏省徐州农业学校，1958年增挂“徐州农业专科学校”，“文革”期间停办，1978年恢复农校，2002年经省政府批准更名为“江苏省徐州生物工程学校”，2003年成为“徐州生物工程高等职业学校”，同时成为“江苏联合职业技术学院徐州生物工程分院”，2010年1月，获批筹建职业技术学院，2012年2月升格为“徐州生物工程职业技术学院”。学校隶属徐州市人民政府管理，目前是苏北唯一的农业类高等院校，江苏省唯一的生物工程类职业学院。
学校占地面积40.9万平方米，总建筑面积23.2万平方米，资产总值3.52亿元，教科研仪器设备值5500万元，建有90个校内实验实训基地（实训室），纸质图书34万册。学校内设机构22个，其中教学部门13个。设有农林工程系、动物工程系、生物工程系、财经信息系、机电工程系5个专业系，基础部、思政部、体育部3个教学部和1个继续教育学院。现有教职工323人，其中校内专任教师220人。其中副教授以上高级职称96人，具有研究生学位教师116人，“双师型”教师191人。
学校设有契合区域产业发展的三年制高职专业30个，五年制高职专业13个。形成了以农林牧类专业为强大优势，生物技术类专业为显著特色，财信机电类专业为有力支撑的专业结构。有2个中央财政支持专业（畜牧兽医、园林技术）、1个江苏省重点专业群（生物技术及应用专业群）、3个牵头服务徐州“四大千亿元产业”重点专业（园艺、园林、生物制药）、2个徐州市特需专业建设项目（药品生物技术、食品生物技术）、1个徐州市重点实验室（现代农业生物技术实验室）和12个徐州市工程技术研究中心（现代生物技术、水产、生物制药与废弃物综合利用、风景园林、绿色植保、生物制药、动物疫病、畜牧、绿色洁净复合钎料、药物检测、农业物联网、微电子扬声器）。
学校坚持“立足徐州，面向淮海，建设职教名校”的发展战略，坚持面向社会、紧贴市场的办学方向，不断推进教学改革，培养高素质技能人才，形成校企合作、工学结合的人才培养模式。立足校企“双主体”合作，围绕强化技能，强化素质，强化创新创业能力“三强化”目标，与山崎株式会社、中粮肉食、扬子江药业、金蝶软件、徐工集团等160多家大型企业建立了紧密型深层次合作关系，开展嵌入式教学订单培养。建校以来，共培养大中专毕业生4万多名，据不完全统计，徐州、连云港地区70%的农技推广干部和30%的乡镇党政主要干部均毕业于我校。近年来，先后获得“全国服务农村青年增收成才先进集体”“江苏省职业教育先进单位”“江苏省文明单位”“江苏省平安校园”“江苏省教育回报社会先进单位”“江苏省挂县强农富民工程先进单位”等荣誉称号。学校现为全国农业职教专业委员会常务理事、中国现代畜牧业职教集团副理事长、中国现代农业职教集团常务理事、江苏省生物技术协会常务理事、江苏省化工职教集团副理事长、江苏省职业教育教科研中心组组长、徐州现代农林职教集团理事长单位。