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福建中医药大学原名福建中医学院，创建于1958年，是我国创办较早的高等中医药院校之一，是福建省重点建设高校，2010年3月经教育部批准更名为福建中医药大学。
学校设有13个学院（部），2个研究院；有中医学、中西医结合等2个博士学位授权一级学科，17个博士学位授权点，有中医学、中西医结合、临床医学、药学、中药学、护理学等6个硕士学位授权一级学科，46个硕士学位授权点，有中医学、中药学、药学、护理学等4个硕士专业学位类别；有中医学、中西医结合等2个博士后科研流动站；有中医学、针灸推拿学、中西医临床医学、临床医学、药学、中药学、药物制剂、制药工程、市场营销、护理学、公共事业管理、医学影像技术、食品科学与工程、生物医学工程、康复治疗学、信息管理与信息系统、医学实验技术、医学检验技术、海洋药学、健康服务与管理等20个本科专业。现有全日制在校生1.2万多人，其中研究生1500多人。
学校现有教职医护员工（含四所直属附属医院）3000多人，其中具有高级职称的专业技术人员500多人；拥有1名国医大师、3名全国名中医;拥有一批国家和卫生部有突出贡献的中青年专家、国务院特殊津贴专家、国家级名老中医学术继承人指导老师、全国百名杰出青年中医、全国优秀教师等。
2002年和2007年，学校先后两次在教育部组织的本科教学工作水平评估中获得“优秀”成绩。2010年12月，中医学专业通过教育部试点专业认证。2016年，康复治疗学专业物理治疗（PT）和作业治疗（OT）两个培养方向分别通过世界物理治疗联盟（WCPT）、世界作业治疗联盟（WFOT）国际教育标准认证。2017年5月，中药学专业通过教育部试点专业认证。目前，学校拥有3门国家级精品课程、2个国家级教学团队、4个国家级特色专业、1门国家级双语教学示范课程、1个国家级人才培养模式创新实验区、2门国家级精品视频公开课、3门国家级精品资源共享课、1个国家级专业综合改革试点、2项国家级卓越医生（中医）教育培养计划改革试点项目、1个国家级大学生校外实践教育基地和134项国家级大学生创新创业训练计划项目。在近两届教学成果评选中获国家级二等奖1项，省级特等奖3项、一等奖5项、二等奖9项。
学校有20个国家中医药管理局重点学科。2003年以来，作为福建省重点建设高校之一，学校以学科建设为核心，带动其它相关内涵建设的发展，取得显著成绩。2008年，学校再次被列入福建省重点建设高校。
学校有2个国家发展和改革委员会国家地方联合工程研究中心，1个教育部省部共建重点实验室，1个国家中医药管理局中医康复研究中心，3个国家中医药管理局重点研究室，8个国家（局级）三级科研实验室，1个国家中医药管理局中医药文献检索中心，2个省级“2011协同创新中心”，17个省级各类重点实验室、基地及工程技术研究中心。先后有659项科研成果受到国家和省市的奖励，其中国家级科研成果奖12项。“十二五”以来，学校进一步推进科技创新，加大科研投入，共承担科研课题2870项，其中国家级项目206项，省部级项目570项；获省部级以上奖励47项。特别是在国家科技支撑计划项目、“973计划”项目、国家自然科学基金重点项目、海峡两岸科技合作联合基金项目等国家级项目上取得突破。
学校有4所直属附属医院，其中附属康复医院成为国内首家通过国际康复质量认证委员会（CARF）认证的康复专科医院;有16所非直属附属医院，58所教学医院，50所实（见）习医院，较好地满足了不同层次临床教学需要。有康复、肛肠、脾胃、外科等4个国家临床重点专科，17个国家中医药管理局重点专科、专病。校本部设立国医堂医院，为社会提供服务。
学校拥有两个校区，共占地1030亩，各类建筑总面积32万多平方米，教学科研仪器设备总值2.5亿多元，纸质图书120万册、电子图书73万册。学校各类设施优良，配备了现代化的教学、科研、行政、生活等设施，建设了富有中医药文化气息的人文景观，是一个环境优美、文化浓郁的校园，被授予“全国中医药文化建设先进单位”和“全国绿化模范单位”荣誉称号，已连续七次被福建省委、福建省人民政府授予“文明学校”荣誉称号，并被列为全国文明单位培育对象。推进节约型校园建设，被确定为全国第一批“节约型公共机构示范单位”创建单位。
学校是内地第一所招收台湾学生的中医药院校，现有各类在校海外学生近300名，其中多数为台湾学生；先后举办了11届两岸中医药学术研讨会，形成了博士、硕士、本科、专科、短期进修等多层次、多规格、多形式的对台教育格局。学校还与美国、澳大利亚、德国、马来西亚、瑞典、芬兰、丹麦、台湾、香港等国家和地区的高等院校、科研医疗机构、学术团体建立了交流合作关系。
在新的发展阶段，学校以科学发展观为指导，秉承“大医精诚，止于至善”的校训精神，进一步更新观念，开拓进取，努力把学校建设成为一所以中医药为主体，多学科协调发展，服务“海丝”核心区和福建自贸区，高水平、有特色的教学研究型中医药大学。