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牡丹江医学院创建于1958年，著名史学家郭沫若先生题写了校名。是黑龙江省东南部地区唯一一所省属全日制普通本科医药院校。1997年一次性通过原国家教委合格评估。2005年经黑龙江省学位委员会批准为新增硕士学位立项建设单位。2006年在国家本科教学水平评估中专家组给予了优秀的评价。 学院现有教职工2300人，具有副高级以上职称550人。专任教师496人，博士62人，其中留学归国博士6人，硕士288人，硕士以上学历人员占专任教师的62%。有兼职博士研究生导师3人、硕士研究生导师30人。有11人担任国家级学会理事，13人担任省级学会副理事长，77人担任省级学会理事等学术职务。
学院占地面积72.5万平方米，建筑面积30.9万平方米，图书馆藏书100多万册，中外文期刊2257种，校园网络系统先进，拥有各类网上教学资源3126部。教学科研仪器设备总值1.7亿元，固定资产总值近6亿元。《牡丹江医学院学报》在全国公开发行。 学院有8所附属医院，总床位数6080张。其中直属附属医院2所，床位2000张。附属红旗医院是具有1200张床位的“全国百姓放心医院”、“全国示范医院”，是黑龙江省东南部地区具有明显优势的三级甲等医院。
学院面向全国25个省（市）、自治区招收本科生，现有全日制在校本、专科学生9490人。开设临床医学、医学影像学、麻醉学、医学检验学、护理学、康复治疗学、口腔医学、药学、制药工程、药物制剂、预防医学、信息管理与信息系统、公共事业管理、应用心理学、市场营销15个本科专业。其中医学影像学、麻醉学、医学检验专业是省级重点专业，医学影像学专业是省级一类特色专业和国家级一类特色建设专业。人体解剖学、组织胚胎学、生物遗传学、病原生物学、影像设备学、诊断学是省级精品课程，内科学、机能学实验是省高校教学团队。 人体解剖与组织胚胎学、病理学与病理生理学、药理学是省级重点学科。“抗纤维化生物治疗”实验室是黑龙江省重点实验室，“麻醉与危重病学”实验室是与哈尔滨医科大学协作的黑龙江省重点实验室，“组织损伤与修复”实验室是黑龙江省高校重点实验室。“生物化学与分子生物学实验室”、“生物学实验室”、“药学实验室”是中央与地方共建高校基础实验室。
学院设有黑龙江省教育厅批准成立的“校企共建工程技术研发中心”和与牡丹江市合作的“牡丹江市北药开发基地”。 人体解剖与组织胚胎学、病理学与病理生理学、生理学、生物化学与分子生物学、内科学、影像医学与核医学、药理学等学科于1997年开始与佳木斯大学、黑龙江中医药大学联合培养硕士研究生324人，已取得硕士学位人员123人。 近几年，学院共获得各级科研立项270项，其中承担与合作的国家自然科学基金项目，国家863、973以及国家科技攻关项目共计27项，主持省自然科学基金项目38项，获得黑龙江省教育厅等厅局级项目205项。获得黑龙江省高校科学技术奖33项，获得牡丹江市科学技术奖58项。获得国家发明专利和使用新型专利7项。发表论文2527篇，其中有44篇被SCI等国际三大检索收录，出版专著、译著159部，主编、参编教育部、卫生部规划教材41部。 学院和俄罗斯海参崴国立医科大学、吉尔吉斯斯坦医科大学、韩国首尔大学医学院、韩国仁川医科大学以及日本金泽医科大学及菲律宾法蒂玛大学等建立了交流与合作关系。
学院始终把教育教学放在中心地位，强化素质教育，注重学生实践能力、动手能力、思维能力的培养，学生综合素质和适应能力不断增强，受到用人单位的欢迎，得到了社会的广泛认可。 学院遵循发展是第一要义的科学发展观，坚持“为农村办学、为基层服务”，把建设社会主义新农村和实现小康社会作为办学的责任。曾受到中共中央书记处、国家教育部、国家卫生部的高度评价，1989年荣获国家优秀教学成果特等奖。 建校以来，培养各级各类医学、药学毕业生26000余人，为黑龙江省和国家医疗卫生事业输送了合格的人才。 目前，全院教职工秉承“立德立行、唯实唯新”的校训，发扬“执着、爱校、求实、合作、创新、奉献”的牡医精神，为学院实现跨越式发展坚持不懈，共同奋斗！