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1991年3月，时任齐齐哈尔第一机床厂教育处副处长曹勇安整合社会闲散资源创办民办自考助学院校；1993年4月，鉴于发展壮大起来的学校尚无校名，黑龙江省教委批校名为黑龙江东亚大学；1993年7月，学校兼并了齐齐哈尔第一机床厂职工机电学院,从此具有了国有资产存量和全民身份的教职工，为混合所有制院校之雏形；2001年3月，经黑龙江省人民政府批准，在黑龙江东亚大学基础上成立齐齐哈尔职业学院；2011年4月，经教育部批准，学院升格更名为齐齐哈尔工程学院。经学院申请，黑龙江省人民政府批准学院隶属齐齐哈尔市人民政府，成为市属地方本科高校。
学院设机电工程系、交通工程系、建筑工程系、信息工程系、管理工程系、基础部、思政教学部等教学机构。目前，校本部全日制本、专科在校生7000余人，开设涵盖工、管、文、艺、医、农等学科的21个本科专业，以及涵盖装备制造、土木建筑、交通运输、电子信息、财经商贸等大类的29个高职专业。
办学26年来，学院充分发挥“混合所有制”优势，坚持“办学以市场为中心、教育以学生为中心、工作以绩效为中心”。积极探索“政校企合作、产学研融合、教学做合一”的办学模式，致力于培养“应用性、职业型的创业者”。学院1998年首创的“委托管理”办学模式（此模式已被写入《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010—2020）》，并成为中国民办教育改革30年典型案例之一），2013年托管了三亚城市职业学院，2014年托管了甘南县农村职业教育，所进行的“从黑龙江畔到南海椰林、从城市到乡村”的委托管理实践，已取得显著成果。学院教育改革实践已成为国家教育行政学院的经典教学案例，院长曹勇安教授连续19年被国家教育行政学院聘为兼职教授，是职业教育领域、新建本科高校和民办高校中唯一受聘的院（校）长。